Historię szkoły rozpoczyna rok 1945, kiedy otworzono tu szkołę początkową. Mieściła się ona w kilku budynkach. W szkole pracowało dwóch nauczycieli: Seif Aksanow, który był dyrektorem szkoły i Marianna Aksanowa. Dzieci uczyły się arytmetyki, jez. rosyjskiego, czytanek literackich, geografii, przyrody, wychowania fizycznego i śpiewu.
W 1948-1949 r. do szkoły uczęszczało 80 uczniów.
W 1949 r. otworzono początkowe klasy z polskim jęz. nauczania, a w 1951 r. – klasę piątą.
W 1953r. szkoła uzyskała status szkoły siedmioletniej. Uczyło się w niej 98 uczniów.
W 1954 r. 7 klas ukończyło 21 uczniów. Była to pierwsza promocja pionu polskiego.
Od 1963 roku szkoła w Niemieżu jest już szkołą ośmioletnią ze 176 uczniami.
W 1965 r. przenosi się do dwupiętrowego budynku.
Od roku 1957 do 1963 w szkole były klasy z polskim i rosyjskim jęz. nauczania (80 % uczniów uczyło się w klasach polskich).
W 1970 r. szkoła otrzymała status szkoły średniej.
W 1980 r. szkołęśrednią ukończyła pierwsza promocja maturzystów.
W 1985 r. zbudowano trzypiętrowy gmach szkolny z przestronnymi klasami, salą sportową, stołówką, biblioteką.

Gimnazjum im. św. Rafała Kalinowskiego od 01.09.2010 r. ma filię:

Filia nauczania początkowego w Grygajciach (decyzja Rady Samorządu rejonu wileńskiego z dn. 23 czerwca 2010 r. nr. T3-207 „Z powodu reorganizacji i przekształcenia struktury wewnętrznej niektórych placówek oświatowych w rejonie wileńskim”)